مدیریت آموزش های تخصصی و تحصیلات تکمیلی
بهمنظور ایجاد و توسعه آموزشهای میانرشتهای در تحصیلات تکمیلی متناسب با رسالت پژوهشگاه و تامین کادر علمی و نیازهای پژوهشی در حوزه ماموریت پژوهشگاه، از سال ۱۳۷۴ پژوهشگاه حوزه و دانشگاه اقدام به برگزاری دوره تحصیلات تکمیلی در دو مقطع کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی نموده است.
در مقطع کارشناسیارشد رشتههای تاریخ اسلام، روانشناسی، جامعهشناسی، فلسفه آموزش و پرورش، علوم قرآن و حدیث با گرایش فلسفه تفسیر، مطالعات تاریخ تشیع و مدیریت دولتی و در مقطع دکتری تخصصی رشتههای علوم اقتصادی با گرایش اقتصاد اسلامی، علوم قرآن و حدیث با گرایش فلسفه تفسیر، روانشناسی، جامعهشناسی، مدیریت دولتی با گرایش رفتار سازمانی و فلسفه تعلیم و تربیت را برگزار نموده است.
پذیرش دانشجو در پژوهشگاه حوزه و دانشگاه از طریق آزمون سراسری و آزمون اختصاصی انجام می گیرد.