کتابخانه پژوهشگاه حوزه و دانشگاه از سال ۱۳۶۱ همزمان با تأسیس دفتر همکاری حوزه و دانشگاه تأسیس گردید و از سال ۱۳۷۱ فعالیت اصلی خود را آغاز کرد. این کتابخانه به صورت مخزن باز است و دارای بیش از ۸۰ هزار عنوان کتاب فارسی و عربی و ۸ هزار عنوان کتاب لاتین است. این کتابخانه شامل دو سالن مطالعه است. یکی از سالنها مخصوص اعضای هیئت علمی و سالن دیگر، سالن مطالعه دانشجویان میباشد.