این کتاب براساس سرفصل‌های درس تاریخ علم در تمدن اسلامی در سه فصل تدوین شده و بر آن است که تاریخ علم در تمدن اسلامی را بر پایه اسناد و مدارک معتبر و مقبول بررسی کند. فصل اول: کلیات، موضوعاتی چون رابطه اسلام و علم و جایگاه علم در اسلام، جایگاه علمی ایرانیان در دوران باستان و دوران اسلامی، معرفی حوزه علمی اسکندریه، معرفی علومی که از تمدن‌های دیگر به دنیای اسلام انتقال یافت، طبقه‌بندی علوم در دنیای اسلام و علل گرایش مسلمانان به علوم مختلف را مدنظر قرار داده است؛ فصل دوم: تاریخ علوم غیردینی در تمدن اسلامی، به تاریخ ریاضیات، نجوم، تاریخ طبیعی، علم الحیل یا مکانیک، شیمی، فیزیک، پزشکی، فلسفه، منطق، تاریخ و جغرافیا می‌پردازد؛ فصل سوم: تاریخ علوم دینی در تمدن اسلامی، به تاریخ علومی مانند قرائت، تفسیر، حدیث، اصول فقه، فقه، کلام و عرفان و تصوف توجه کرده است.